Operasi pembungkaman gerakan 30 September dan penguasaan kembali titik-titik strategis di Jakarta oleh RPKAD menjadi babak penentu dalam konsolidasi kekuasaan Angkatan Darat. Setelah lebih dahulu merebut dan mengamankan Radio Republik Indonesia (RRI) serta Kantor Besar Telekomunikasi Jakarta, jalur komunikasi nasional praktis kembali berada di tangan pemerintah.
Langkah ini memiliki arti sangat strategis. Dewan Revolusi dan unsur pimpinan Partai Komunis Indonesia (PKI) tidak lagi dapat berkomunikasi dengan cabang-cabang daerah (CDB). Padahal, menurut sejumlah sumber militer saat itu, terdapat rencana untuk menggerakkan massa besar di berbagai daerah guna mendukung gerakan tersebut. Sebaliknya, setelah RRI dikuasai, pemerintah dapat menetralisir isu simpang siur yang menyebut negara telah jatuh ke tangan Dewan Revolusi dan Presiden dilengserkan.
Penegasan posisi itu tercermin dalam pernyataan Panglima Kostrad Suharto yang disiarkan melalui RRI dan dibacakan oleh Kepala Pusat Penerangan ABRI Brigjen TNI Ibnu Subroto. Siaran tersebut menjadi penanda bahwa kendali Angkatan Darat atas situasi ibu kota mulai pulih.
Tahap berikutnya adalah penguasaan Pangkalan Udara Halim Perdanakusuma, yang saat itu menjadi lokasi konsentrasi sejumlah unsur gerakan. Perintah bergerak turun berjenjang dari Mayjen Suharto kepada Komandan RPKAD Kolonel Sarwo Edhie Wibowo, lalu kepada Komandan Batalyon I Mayor CZI Santoso.
Sekitar pukul 01.00 dini hari, 2 Oktober 1965, lima kompi RPKAD digerakkan: Kompi Oerip, Kompi (Lettu) Faizal Tanjung, Kompi Heru Sisnodo, Kompi Muhadi, dan Kompi Kayat sebagai cadangan. Dari pihak Kompi Tanjung, perintah lapangan diteruskan kepada Komandan Peleton I Letda Sintong Panjaitan.
Pasukan bergerak dari Markas Kostrad di Jalan Medan Merdeka Timur menuju arah timur Jakarta melalui kawasan Gambir, Patung Tani, dan Senen. Dalam pergerakan itu, pasukan dilaporkan tidak melepaskan tembakan hingga mendekati objek vital di kawasan Halim.
Situasi Udara yang Tegang
Pada waktu hampir bersamaan, Menteri Negara diperbantukan kepada Presiden merangkap Deputi Panglima Komando Operasi Tertinggi, Sri Mulyono Herlambang, sempat berusaha mendarat di Halim dengan pesawat Lockheed dari Medan. Namun pesawatnya mendapat tembakan artileri pertahanan udara Angkatan Darat saat melintas di wilayah Jakarta dan akhirnya mendarat di Bekasi.
Di tengah ketegangan itu, sebuah pesawat Dakota yang kemudian diketahui baru kembali dari Yogyakarta—dikaitkan dengan kepulangan pimpinan PKI D. N. Aidit—membatalkan pendaratan (aborted landing) di Halim dan kembali terbang menjauh.
Kontak Senjata di Depo Perminyakan
Saat pasukan RPKAD mendekati depo perminyakan di kompleks Halim, terjadi insiden tembak-menembak singkat. Dua anggota Pasukan Gerak Tjepat (PGT) yang berjaga dilaporkan hendak mengambil senjata ketika melihat kedatangan pasukan baret merah. Dalam situasi tegang itu, salah satu prajurit di bawah komando Letda Sintong melepaskan tembakan yang mengakibatkan korban jiwa di pihak penjaga.
Setelah penguasaan pangkalan praktis berada di tangan RPKAD, Presiden Sukarno diberangkatkan menuju Istana Bogor menggunakan helikopter kepresidenan Sikorsky S-61V. Turut serta dalam rombongan tersebut antara lain Sri Mulyono Herlambang, Komodor Udara Dewanto, serta Kolonel Sarwo Edhie Wibowo yang kemudian melaporkan perkembangan situasi kepada Mayjen Suharto.
Setelah Halim dikuasai, fokus berikutnya adalah menemukan dan memastikan nasib enam jenderal dan satu perwira pertama Angkatan Darat yang sebelumnya diculik. Operasi ini kemudian mengarah pada penemuan lokasi di kawasan Lubang Buaya dan menjadi bab lanjutan dari rangkaian peristiwa paling menentukan dalam sejarah politik Indonesia modern.
